Manuel de l'utilisateur
Sommaire :
- Démarrage de l'application
- Création d'un projet
- Visualisation des données
- Volume de travail
- Création et manipulation d'objets
- Démarrage de l'application
- Création d'un projet
- largeur des images (en pixels),
- hauteur des images (en pixels),
- taille réelle d'un pixel de l'image (en millimètres),
- espacement entre les coupes (en millimètres), attention à ne pas confondre avec l'épaisseur des coupes, information inutile ici,
- nombre d'octets par échantillon (par pixel), généralement 2 octets,
- nombre d'octets de l'entête, s'il y en a un,
- inverser les poids forts et les poids faibles ? Si sans inversion vous obtenez des images non réalistes, alors il faut effectuer l'inversion.
- cocher toutes les images,
- toutes les décocher,
- inverser la sélection, c'est à dire décocher celle qui le sont et inversement,
- sélectionner une plage de données : coche les images entre les deux numéros qui vous sont demandés. Attention, ceci ne décoche pas ce qui est déjà coché !
- largeur des images (en pixels),
- hauteur des images (en pixels),
- taille réelle d'un pixel de l'image (en millimètres),
- espacement entre les coupes (en millimètres), attention à ne pas confondre avec l'épaisseur des coupes, information inutile ici,
- nombre de coupes en hauteur. Si la taille d'un pixel correspond à l'espacement entre les coupes, alors vous obtiendrez exactement ce nombre de coupes verticales. Dans le cas contraire, une interpolation est calculée, exactement comme celle décrite dans le paragraphe précédent.
- Visualisation des données
- plan (xy) : vue selon z (de dessus),
- plan (yz) : vue selon x (de droite),
- plan (xz) : vue selon y (de face).
- tout voir : vous voyez tous les objets que vous avez créés,
- ne pas voir sous la coupe : dans ce cas, les objets sont tronqués et vous ne voyez que leur partie supérieure,
- ne voir que la coupe : ici vous verrez uniquement la partie des objets appartenant à la coupe.
- Actualiser : permet de forcer l'affichage 3D,
- Enregistrer l'image : enregistre la vue actuelle dans un fichier image,
- Changer la couleur du modèle : affecte une couleur personnalisée au volume de travail. Le sélecteur de couleur est accessible depuis le menu Édition,
- Réduire la complexité géométrique : simplifie le modèle 3D afin d'accélérer l'affichage. Vous perdez cependant de la précision dans les données,
- Type d'affichage : choisissez l'affichage du volume de travail : plein, fil de fer ou sommets. Pour l'affichage plein, vous pouvez choisir le mode lissé ou non lissé. Le mode lissé est plus agréable à regarder, mais demande un peu plus de ressources système,
- Zoom avant et zoom arrière,
- Afficher/masquer les axes du repère (gradués en millimètres),
- Seuil de segmentation : un ascenseur vous permet de choisir le seuil. A chaque modification de ce seuil, la vue 3D est recalculée. Vous pouvez à tout moment définir le seuil courant comme étant le maximum, ou comme étant le minimum. Les bornes par défaut sont 0-4095,
- Opacité du volume de travail : permet de rendre transparent le volume de travail,
- Orientation de la vue : pour les machines les plus lentes ou pour définir des contraintes de rotation sur la vue 3D, un trackball vous permet de contrôler la rotation, ou de la repositionner en vue de dessus (bouton reset).
- Volume de travail
- Sélection – Ouvrir la sélection... : permet de charger les coordonnées d'un volume précédemment enregistré, à partir d'un fichier texte.
- Sélection – Enregistrer la sélection... : permet de sauvegarder les coordonnées d'un volume sélectionné, à partir d'un fichier texte.
- Exportation – Exporter le volume de travail (RAW) : enregistre les coupes sélectionnées dans un répertoire. Un fichier par coupe est créé. Vous pouvez ainsi charger un nouveau projet à partir de ces fichiers.
- Exportation – Exporter la géométrie : permet d'enregistrer dans un fichier .dat le volume 3D segmenté. Il peut alors être réintégré dans une scène en tant qu'objet.
- Traitement sur les coupes : permet d'effectuer des traitements mathématiques sur les coupes du volume.
- Supprimer la vue 3D : efface l'affichage 3D du volume.
- Création et manipulation d'objets
- Fichier :
- Importer des données : vous permet de sélectionner un fichier texte contenant les coordonnées d'objets précédemment sauvegardés dans ce format.
- Enregistrer les données sélectionnées : sauvegarde au format texte les objets que vous avez créés. Ce format vous permet à tout moment de modifier le contenu de ces fichiers dans un éditeur de texte.
- Fermer : ferme la boîte de dialogue et empêche la création et la manipulation d'objets.
- Edition :
- Supprimer : efface les objets sélectionnés (accessible également par la touche Suppr ).
- Changer la couleur : change la couleur des objets sélectionnés. La couleur se choisit par le sélecteur de couleurs du menu Edition de la fenêtre principale de VisualisDicom.
- Changer l'opacité : permet de définir une valeur de transparence pour les objets sélectionnés. Une valeur de 100 défini un objet opaque, 0 invisible.
- Définir centre de vue 3D : permet de spécifier un objet (typiquement un point) comme étant le centre de rotation de la vue 3D. Cela permet par exemple d'examiner une zone précise autour de ce point.
- Définir centre de rotation contraint : permet de spécifier un point comme étant le centre de rotation des objets que vous allez faire pivoter. Vous pouvez ainsi contrôler plus facilement la manipulation des objets autour d'un point précis.
- Créer :
- Une ligne brisée : relie entre eux les points sélectionnés par une ligne brisée. L'ordre des points dans la liste indique la manière de relier les points entre eux. Vous pouvez créer une ligne ouverte, ou bien fermée (le dernier point sera relié au premier).
- Une courbe : fonctionne de la même manière que la création d'une ligne brisée, mais crée des points intermédiaire afin de simuler une spline lisse.
- Importer une géométrie : permet de choisir un fichier binaire contenant la structure géométrique d'un objet précédemment exporté ou reconstruit. Cet objet est replacé à l'endroit précis où il était avant l'exportation.
- Par copie : duplique un objet et toutes ses caractéristiques courantes.
- Intersection plan/droite : permet de créer un point à l'intersection d'un plan et d'une droite. Vous devez pour cela spécifier 5 points classés dans l'ordre suivant : les 3 premiers définissent un plan, les deux suivant définissent la droite.
- Placer précisément un objet :
- Définir la largeur de l'objet : sélectionnez deux points dont l'espacement définira la largeur de l'objet à créer.
- Définir l'axe de l'objet : une fois l'étape précédente effectuée, sélectionnez un nouveau point pour définir l'axe de l'objet. Cet axe passera par le milieu des deux points définissant la largeur et par ce troisième point. Une fois ces paramètres de dimension spécifiés, vous pouvez créer quatre types d'objets :
- Créer un cylindre.
- Créer un cylindre de diamètre choisit : permet d'outrepasser les dimensions définies plus haut, et de rentrer un diamètre en millimètres.
- Créer à partir d'un fichier géométrie : permet de placer précisément une structure géométrique précédemment exportée.
- Créer à partir de données du PIT : reconstruit à la volée un objet géométrique à partir d'un fichier texte contenant les coordonnées de points acquis à la surface d'un objet.
- Transformer :
- Intéractivement : ouvre une boîte de dialogue permettant d'effectuer des transformations sur les objets sélectionnés : translations et rotations.
- Translation précise : permet d'effectuer des translations selon les 3 axes de l'espace. L'utilisateur doit spécifier la distance en millimètres.
- Rotation précise : permet d'effectuer des rotations autour des 3 axes de l'espace. L'utilisateur doit spécifier l'angle en degrés.
- Ligne en liste de points : les points formant la ligne sélectionnée sont extraits et créés en tant que nouveaux objets.
- Redresser selon un plan cuspidien : permet d'effectuer une rotation du volume de données global afin d'aligner le plan sélectionné avec le plan horizontal.
- Rotations contraintes : cocher cette option pour activer les rotations autour du point contraint défini dans le menu Edition – Définir le centre de rotation contraint .
- Appliquer définitivement les transformations : permet de modifier réellement les coordonnées des objets sélectionnés. En effet, les transformations effectuées jusqu'ici n'étaient que virtuelles, et visibles uniquement à l'affichage.
- Réinitialiser : permet de repositionner les objets sélectionnés à leur état initial avant d'avoir effectué des transformations. Note : si vous avez appliqué définitivement les transformations, alors cette fonction n'aura aucun effet.
- Mesurer :
- Distance entre deux points : affiche la distance en millimètres.
- Distance point / plan : sélectionnez trois points dans la liste d'objets, puis cliquez sur « Définir un plan ». Sélectionnez ensuite un point dans la liste et cliquer sur « Sélectionner un point ». Cliquez enfin sur « Calculer la distance ». Le résultat est la distance entre un point et sa projection orthogonale sur le plan. Cette méthode de sélection des données vous permet de mesurer successivement la distance de plusieurs points au plan sélectionné.
- Angulation de deux vecteurs : sélectionnés trois points dans la liste. L'ordre des points dans cette liste influe sur le résultat obtenu. La mesure est l'angle orienté entre le vecteur BA et BC si l'ordre des points est A,B,C.
- Monter : permet de monter un élément sélectionné dans la liste.
- Descendre : permet de descendre un élément sélectionné dans la liste.
- Visualiser une coupe transversale : permet de calculer une coupe passant par trois points sélectionnés. Il est nécessaire de renseigner la taille de cette coupe. S'en suit un calcul qui est en général un peu long qui consiste à projeter les points, les lignes et les courbes créés sur cette coupe. Vous avez bien entendu la possibilité de sauvegarder cette nouvelle coupe dans le format de votre choix. Cliquer dans cette fenêtre permet de sélectionner des points (ils seront alors coplanaires aux trois points ayant défini cette coupe reformatée).
- Fermer : ferme cette boîte de dialogue.
- Etat des transformations : vous précise les translations et les rotations que votre objet a subit
- Menu Afficher : permet de sélectionner les vues dans lesquelle votre objet sera affiché ou caché.
- Point : créés lorsque vous cliquez avec le bouton gauche de la souris dans une des trois vues 2D, dans une coupe reformatée ou avec un clic droit dans la vue 3D. En 2D, ils sont représentés par un signe plus (+), en 3D par une petite sphère.
- Ligne et courbe : ensemble de points reliés entre eux par des segments de droites.
- Cylindre : défini par un diamètre et un axe.
- Objet géométrique : définit par un fichier binaire (.dat) contenant une liste de sommet et de facettes.
- Objet PIT : objet géométrique reconstruit à partir d'un fichier texte contenant un nuage de points.
A l'ouverture de VisualisDICOM, aucun projet n'est ouvert. Le menu Fichier permet de créer deux types de projets :
chargement d'un ensemble d'images à partir d'un répertoire (Ouvrir un répertoire d'images),
créer un projet vide, c'est à dire un espace de travail où vous pourrez importer vous objets. Dans la réalité, un ensemble de coupes, dont vous spécifiez les caractéristiques, sont crées. Leurs pixels ont tous la valeur 0. Cliquez sur Créer un projet vide.
A ce stade, vous pouvez également utiliser l'outil de conversion d'un fichier texte, contenant les coordonnées de points dans l'espace, en un fichier de géométrie (Convertir un fichier PIT en géométrie).
Dans le menu Aide, vous accédez aux informations concernant les coupes chargées. Ici, comme aucun projet n'est ouvert, toutes les valeurs sont nulles.
A propos vous donne des informations sur la version du logiciel que vous utilisez et sur leurs auteurs.
a) Chargement d'images à partir d'un répertoire
Le menu Fichier - Ouvrir un répertoire d'images vous permet de rechercher des images, soit avec un entête DICOM, soit au format brut sans entête.
Le format DICOM renseigne sur les caractéristiques de l'examen et sur le format des images. Si vos images sont au format brut, à vous de renseigner les paramètres des images que vous voulez charger. Dans tous les cas, je vous conseille de stocker vos images sur le disque dur, cela améliorera le temps de chargement (notamment si vos données sont stockées sur CDROM).
Si vos images ne sont pas au format DICOM, vous devez renseigner les informations suivantes :
Dans les deux cas, vous obtenez une boîte de dialogue permettant de choisir votre répertoire d'images :
Une fois celui-ci sélectionné, le logiciel fait un premier parcours pour déterminer les images DICOM, ou celles qui correspondent à vos critères précédents. Puis, les images DICOM sont triées par numéro d'acquisitions. S'il y en a plusieurs (images mélangées dans un même répertoire), vous pouvez alors sélectionner l'examen à visualiser, ou bien toutes les ouvrir.
La dernière étape vous présente une collection de vignettes numérotées. A vous de cocher celles qui vous intéresse. En général, il est conseillé de toutes les sélectionner. Il arrive parfois que des images n'ayant pas de rapport avec les autres se mélangent, vous pouvez maintenant les décocher.
A ce niveau, quatre actions sont prédéfinies, vous pouvez soit :
Appuyez sur Ok pour procéder au chargement des images sélectionnées, ou sur Annuler pour revenir à l'état précédent de l'application. Le chargement peut être un peu long, suivant la puissance de votre CPU et le nombre d'images à charger. A ce stade, des coupes sont interpolées pour obtenir une échelle de données verticale cohérente.
b) Création d'un projet vide
Un certain nombre de paramètres sont à indiquer ici :
a) Vue 2D
L'onglet Vue 2D vous permet de voir les coupes et les objets créés selon 3 plans :
Vous pouvez faire défiler les coupes grâce à l'ascenseur présent à droite des coupes. Là encore, vous avez 3 façon de voir la coupe et les objets :
Enregistrer la coupe permet d'enregistrer la vue 2D courante dans un fichier image. Vous pouvez enfin suivre interactivement les coordonnées de votre souris qui s'affichent lorsque votre pointeur se déplace sur l'image.
b) Vue 3D
L'onglet Vue 3D se contente actuellement d'afficher un repère vide, en vue de dessus.
Cliquez sur la vue, et maintenez le bouton enfoncé pendant le déplacement de votre souris. Vous faites alors tourner le repère. Pour des raisons de performances, nous n'affichons pas l'ensemble des données en 3D. Vous devrez ainsi sélectionner un volume de travail pour le visualiser en 3D. Nous reviendrons plus tard sur la méthode à suivre pour choisir ce volume. Plusieurs options sont possibles ici :
Une fois les images chargées, il faut identifier la zone sur laquelle se portera votre étude. Nous appellerons cette zone le volume de travail. Pour passer en mode sélection du volume, placez-vous sur l'onglet Vue 2D, puis dans le menu Volume de travail, cliquez sur Sélectionner (ou Ctrl+S).
Dans ce mode, vous sélectionnez le volume qui vous intéresse dans chacun des 3 plans de vue. Un clic gauche vous permet de sélectionner le coin supérieur gauche, un clic droit définit le coin inférieur droit.
Lorsque le volume est choisi, il faut valider la sélection pour l'afficher dans la vue 3D (Menu Volume de travail – Valider la sélection du volume, ou appuyez sur Entrée). Suivant la puissance de votre machine, le temps de calcul peut prendre un peu de temps. Un message vous préviens lorsque le volume est calculé.
Dans la vue 3D, le volume est calculé selon un seuil de segmentation arbitraire. Vous pouvez modifier ce seuil pour faire apparaître les données désirées.
En cliquant dans la vue, vous pouvez faire pivoter le modèle pour le visualiser sous l'angle voulu. Si l'affichage est trop lent, vous avez la possibilité de réduire la complexité géométrique, choisissez alors la quantité de données à conserver (en général 10% est suffisant). Le volume est alors plus facile à faire pivoter, le modèle est aussi plus lisse.
Pour un mouvement plus précis, vous pouvez également utiliser l'outil Orientation de la vue, vous pouvez alors choisir des contraintes de rotation, ou revenir en vue de dessus (Reset).
L'opacité du volume de travail défini le pourcentage de transparence.
Enfin, dans le menu Type d'affichage, choisissez le mode qui correspond le mieux à vos besoins.
Examinons le reste des options proposées dans le menu Volume de travail :
En validant un nouveau volume de travail, il vous est proposé de conserver ou non la vue 3D. Si vous voulez conserver l'ancien volume, il vous sera demandé de le sauvegarder dans un fichier, puis sera accessible dans la boîte de Sélection de points.
Le mode « création d'objets » se fait en utilisant une boîte de dialogue « Sélection de points », que vous obtenez en appuyant sur la touche Inser ou par le menu Edition – Passer en mode sélection de points…
Passons en revue les différents menus de cette fenêtre :
Quatre autres boutons sont disponibles dans cette boîte de dialogue, juste en dessous de la liste :
Lorsque vous effectuez un clic droit sur un élément de la liste, vous pouvez accéder aux informations suivantes :
Les types d'objets que vous pouvez créer sont les suivants (nécessitent d'ouvrir la boîte de sélection de points) :
(Document mis à jour le 4/09/07 )