VisualisDicom

Manuel de l'utilisateur

Sommaire :

  1. Démarrage de l'application
  2. Création d'un projet
  3. Visualisation des données
  4. Volume de travail
  5. Création et manipulation d'objets

 

  1. Démarrage de l'application
  2. A l'ouverture de VisualisDICOM, aucun projet n'est ouvert. Le menu Fichier permet de créer deux types de projets :
    chargement d'un ensemble d'images à partir d'un répertoire (Ouvrir un répertoire d'images),
    créer un projet vide, c'est à dire un espace de travail où vous pourrez importer vous objets. Dans la réalité, un ensemble de coupes, dont vous spécifiez les caractéristiques, sont crées. Leurs pixels ont tous la valeur 0. Cliquez sur Créer un projet vide.
    A ce stade, vous pouvez également utiliser l'outil de conversion d'un fichier texte, contenant les coordonnées de points dans l'espace, en un fichier de géométrie (Convertir un fichier PIT en géométrie).

    Menu Fichier

    Dans le menu Aide, vous accédez aux informations concernant les coupes chargées. Ici, comme aucun projet n'est ouvert, toutes les valeurs sont nulles.

    Infos images

    A propos vous donne des informations sur la version du logiciel que vous utilisez et sur leurs auteurs.

    A propos

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  3. Création d'un projet
  4. a) Chargement d'images à partir d'un répertoire

    Le menu Fichier - Ouvrir un répertoire d'images vous permet de rechercher des images, soit avec un entête DICOM, soit au format brut sans entête.

    Rechercher entêtes DICOM

    Le format DICOM renseigne sur les caractéristiques de l'examen et sur le format des images. Si vos images sont au format brut, à vous de renseigner les paramètres des images que vous voulez charger. Dans tous les cas, je vous conseille de stocker vos images sur le disque dur, cela améliorera le temps de chargement (notamment si vos données sont stockées sur CDROM).
    Si vos images ne sont pas au format DICOM, vous devez renseigner les informations suivantes :

    Dans les deux cas, vous obtenez une boîte de dialogue permettant de choisir votre répertoire d'images :

    Ouvrir un répertoire d'images

    Une fois celui-ci sélectionné, le logiciel fait un premier parcours pour déterminer les images DICOM, ou celles qui correspondent à vos critères précédents. Puis, les images DICOM sont triées par numéro d'acquisitions. S'il y en a plusieurs (images mélangées dans un même répertoire), vous pouvez alors sélectionner l'examen à visualiser, ou bien toutes les ouvrir.
    La dernière étape vous présente une collection de vignettes numérotées. A vous de cocher celles qui vous intéresse. En général, il est conseillé de toutes les sélectionner. Il arrive parfois que des images n'ayant pas de rapport avec les autres se mélangent, vous pouvez maintenant les décocher.

    Vignettes

    A ce niveau, quatre actions sont prédéfinies, vous pouvez soit :

    Appuyez sur Ok pour procéder au chargement des images sélectionnées, ou sur Annuler pour revenir à l'état précédent de l'application. Le chargement peut être un peu long, suivant la puissance de votre CPU et le nombre d'images à charger. A ce stade, des coupes sont interpolées pour obtenir une échelle de données verticale cohérente.

    b) Création d'un projet vide

    Un certain nombre de paramètres sont à indiquer ici :

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  5. Visualisation des données
  6. a) Vue 2D

    L'onglet Vue 2D vous permet de voir les coupes et les objets créés selon 3 plans :

    Onglet vue 2D

    Vous pouvez faire défiler les coupes grâce à l'ascenseur présent à droite des coupes. Là encore, vous avez 3 façon de voir la coupe et les objets :

    Enregistrer la coupe permet d'enregistrer la vue 2D courante dans un fichier image. Vous pouvez enfin suivre interactivement les coordonnées de votre souris qui s'affichent lorsque votre pointeur se déplace sur l'image.

    b) Vue 3D

    L'onglet Vue 3D se contente actuellement d'afficher un repère vide, en vue de dessus.

    Onglet vue 3D

    Cliquez sur la vue, et maintenez le bouton enfoncé pendant le déplacement de votre souris. Vous faites alors tourner le repère. Pour des raisons de performances, nous n'affichons pas l'ensemble des données en 3D. Vous devrez ainsi sélectionner un volume de travail pour le visualiser en 3D. Nous reviendrons plus tard sur la méthode à suivre pour choisir ce volume. Plusieurs options sont possibles ici :

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  7. Volume de travail
  8. Une fois les images chargées, il faut identifier la zone sur laquelle se portera votre étude. Nous appellerons cette zone le volume de travail. Pour passer en mode sélection du volume, placez-vous sur l'onglet Vue 2D, puis dans le menu Volume de travail, cliquez sur Sélectionner (ou Ctrl+S).

    Sélectionner le volume de travail

    Dans ce mode, vous sélectionnez le volume qui vous intéresse dans chacun des 3 plans de vue. Un clic gauche vous permet de sélectionner le coin supérieur gauche, un clic droit définit le coin inférieur droit.

    Vue selon (xy)

    Vue selon (yz)

    Lorsque le volume est choisi, il faut valider la sélection pour l'afficher dans la vue 3D (Menu Volume de travail – Valider la sélection du volume, ou appuyez sur Entrée). Suivant la puissance de votre machine, le temps de calcul peut prendre un peu de temps. Un message vous préviens lorsque le volume est calculé.

    Volume de travail calculé

    Dans la vue 3D, le volume est calculé selon un seuil de segmentation arbitraire. Vous pouvez modifier ce seuil pour faire apparaître les données désirées.

    Vue 3D avant seuillage

    Vue 3D brute

    En cliquant dans la vue, vous pouvez faire pivoter le modèle pour le visualiser sous l'angle voulu. Si l'affichage est trop lent, vous avez la possibilité de réduire la complexité géométrique, choisissez alors la quantité de données à conserver (en général 10% est suffisant). Le volume est alors plus facile à faire pivoter, le modèle est aussi plus lisse.

    Réduire la complexité

    Vue 3D lissée

    Pour un mouvement plus précis, vous pouvez également utiliser l'outil Orientation de la vue, vous pouvez alors choisir des contraintes de rotation, ou revenir en vue de dessus (Reset).
    L'opacité du volume de travail défini le pourcentage de transparence.

    Affichage transparence

    Enfin, dans le menu Type d'affichage, choisissez le mode qui correspond le mieux à vos besoins.

    Affichage fil de fer

    Examinons le reste des options proposées dans le menu Volume de travail :

    Selection volume de travail

    Exportation volume de travail

    En validant un nouveau volume de travail, il vous est proposé de conserver ou non la vue 3D. Si vous voulez conserver l'ancien volume, il vous sera demandé de le sauvegarder dans un fichier, puis sera accessible dans la boîte de Sélection de points.

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  9. Création et manipulation d'objets
  10. Le mode « création d'objets » se fait en utilisant une boîte de dialogue « Sélection de points », que vous obtenez en appuyant sur la touche Inser ou par le menu Edition – Passer en mode sélection de points…

    Boite de sélection de points

    Passons en revue les différents menus de cette fenêtre :

    Menu fichier

    Transformer intéractivement

    Quatre autres boutons sont disponibles dans cette boîte de dialogue, juste en dessous de la liste :

    Lorsque vous effectuez un clic droit sur un élément de la liste, vous pouvez accéder aux informations suivantes :

    Etat des transformations

    Sou-menu Affichage

    Les types d'objets que vous pouvez créer sont les suivants (nécessitent d'ouvrir la boîte de sélection de points) :

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(Document mis à jour le 4/09/07 )